Shuuji e Chise, são estudantes do terceiro ano na escola Hokkaido. A tímida Chise, finalmente confessa seus sentimentos para Shuuji, e os dois começam a trocar diários, onde cada um relata o seu dia-a-dia. Um dia, enquanto Shuuji, passeia pelo shopping, a cidade é atacada por bombas em plena luz do dia. Ao fugir com seus amigos, Shuuji, percebe um pequeno objeto voador atacando os inimigos. Já sozinho, ele vê que o misterioso objeto é Chise, com grandes asas de metal e armas que parecem fazer parte de seu corpo.