A sétima temporada de Scrubs segue o sétimo ano de J.D. no hospital. J.D. tem que aprender a ser pai quando nasce seu filho Sam. Ele e Elliot começam a suspeitar que estão em relacionamentos com as pessoas erradas (Kim e Keith, respectivamente). Turk e Carla continuam a ter problemas com seu casamento, e Dr. Cox é promovido ao antigo posto de Dr. Kelso, mas isso não impede o Kelso de viver pelo hospital. Para completar as surpresas da temporada, até o Zelador arranja uma namorada.