Megatron recruta Orion Pax, que não tem memória da guerra Autobot-Decepticon, para os Decepticons, afirmando que os Autobots são o mal a ser combatido. Jack e Arcee viajam para Cybertron para encontrar o lendário supercomputador Vector Sigma. Os Autobots conseguem então restaurar com êxito as lembranças de Optimus com a informação armazenada no seu interior. O tema principal para o resto da segunda temporada é a descoberta de relíquias antigas e armamentos de Cybertron enterrados na Terra, com os Transformers brigando por cada nova descoberta.