A Loja Mágica do Sr. Magorium é um paraíso de brinquedos onde tudo ganha vida, inclusive a própria loja. Um dia o sr. Edward Magorium (Dustin Hoffman), que tem 243 anos, decide ceder o controle de seu estabelecimento à insegura e jovem gerente Molly Mahoney (Natalie Portman). Quando um cético contador chamado Henry Weston (Jason Bateman) surge para fazer uma auditoria em todos os brinquedos a loja passa por uma misteriosa mudança. Os brinquedos, antes alegres e coloridos, se tornam silenciosos e acinzentados. Para recuperar o local Molly e Henry precisarão encontrar a magia existente dentro deles próprios, contando com a ajuda de Eric Applebaum (Zach Mills), um garoto de 9 anos que tem dificuldades em fazer amigos.