Alemão 2 acompanha a ação dos policiais civis Machado (Vladimir Brichta), Ciro (Gabriel Leone) e Freitas (Leandra Leal) para capturar o traficante Soldado (Digão Ribeiro), que dominou o morro após a falência das Unidades de Polícia Pacificadora, nove anos depois da operação militar realizada para livrar o Complexo do Alemão do controle do tráfico.

Supervisionados pela delegada Amanda (Aline Borges) e seguindo as pistas de Bento (Danilo Ferreira), um informante da Polícia Militar, o grupo consegue efetuar a prisão, mas sofre uma emboscada armada pelo chefe da facção rival e acaba sendo perseguido pelos traficantes, perdendo-se nas tortuosas vielas da comunidade.