A agente Dana Scully encontra John Doggett, líder do grupo de agentes que procuram Fox Mulder. Os dois acabam resolvendo casos paranormais. Enquanto isso, a conspiração envolvendo a colonização da Terra pelos extra-terrestres continua a envolver não só os agentes, mas também todo o governo norte-americano. Além disso, Scully teme pela vida de seu filho, que está sendo ameaçado pela conspiração.