Leonor, Brites e Mécia são criadas como católicas, sob a proteção da Rainha de Portugal, após a morte dos pais na fogueira da Inquisição. No final do século XVI, a Rainha envia as três irmãs para a colônia brasileira com a ordem de se casarem.
Elas tentam se adaptar à diversidade e precariedade do Novo Mundo, ignorando a própria origem cristã-nova. Leonor pede a intervenção da Rainha, mas a ajuda não chega. Nesse processo, a princípio tão desolador, elas acabam desenvolvendo relações amorosas inesperadas e profundas. Leonor se apaixona por Escobar e com ele tem filhos, Brites tenta conquistar o marido violento e Mécia, que permanece solteira devido a uma deficiência física, se encanta com um índio.
O frágil equilíbrio é rompido quando o Inquisidor chega ao Brasil espalhando terror e desconfiança entre os habitantes da colônia. As três irmãs são denunciadas por seus hábitos domésticos, impregnados de indícios da religião judaica. Elas acabam sendo julgadas junto com outros acusados de heresia, homossexualidade, feitiçaria, bigamia e blasfêmia. Leonor, Brites e Mécia permanecem unidas diante de traições entre familiares, vizinhos, amigos. Mas o sentimento de fraternidade é colocado à prova diante da ameaça de punições severas. Afonso Lobo se excede nas suas funções inquisitoriais.
Diante da ameaça do Santo Ofício e da descoberta da origem judaica cada uma das irmãs reage de forma diferente, mas igualmente dramática.