Um cetro mágico comprado pela jornalista April O'Neill (Paige Turco) acidentalmente a transporta a para o Japão do século XVII. As Tartarugas Ninja também viajam no tempo, no intuito de salvá-la, mas Michelangelo (David Fraser) se perde do grupo. Para reencontrá-lo e salvar April, Donatello (Jim Raposa), Raphael (Matt Hill) e Leonardo (Mark Caso) precisam ajudar uma vila a enfrentar o malvado Lorde Norinaga (Sab Shimone).