A história segue Eren Yeager e Mikasa Ackerman entrando na Titan Jr. High, uma escola onde os seres humanos e Titãs estudam no mesmo local. Por causa de um evento “traumático”, onde o Titan Colossal comeu o almoço de Eren no ensino médio, ele acaba odiando os Titãs e está constantemente tentando encontrar um jeito de livrar a Terra de sua espécie. Devido a isso, em seu tempo no colégio ele faz grandes amigos, o que é uma grande preocupação de Mikasa.