Depois de serem exilados da Terra, Capitão Harlock e sua tripulação saem a bordo da Arcádia à procura do planeta dos sonhos, onde possam viver livremente. Mas os Illumidas continuarão atrás deles, numa perseguição por todo o universo.

É a continuação do longa metragem de 1982, Capitão Harlock: Waga Seishun no Arcadia (Capitão Harlock e sua Nave Arcadia ou Arcádia da Minha Juventude).