Itsuka Shido é um garoto do ensino médio que vive uma vida normal com sua irmã. No último dia das férias de primavera, um abalo espacial destrói a cidade e ele descobre que uma menina em uma armadura chamada “Spirit” é a causa do desastre. Descobre também, que terá que vencer a ameaça, não com armas ou diplomacia, mas sim com amor.