Retornando à Terra, após uma longa ausência, o Galaxy Express encontra um mundo pacífico, mas isto é apenas uma fachada, pois há um sinistro plano para destruir a humanidade através da complacência. Tetsuro Hoshino, que era prisioneiro na terra, é resgatado pelo 999, começando uma nova jornada através do espaço em companhia da sua melhor amiga Maetel, buscando a salvação da humanidade.
Destaque especial para música tema/finalização deste movie : "Brave Love".