A história gira em torno de um clube de natação, na cidade de Umineko, onde o gerente Kaname Okiura passou por um trauma de infância, onde ele se afogou e teve uma breve visão de uma "sereia", o que o traumatizou, incapacitando-o de nadar. Em um dia de treino normal, é avistado no meio do oceano uma casa em forma de jangada, e dela sai uma menina de cabelo verde chamada Amuro Ninagawa, com um jeito único de nadar que irá participar também do Clube de Natação.