Thomas (Dylan O’Brien) e seus companheiros Clareanos vão encarar seu maior desafio até agora: procurar por pistas sobre a misteriosa e poderosa organização conhecida como C.R.U.E.L. Sua jornada os leva até O Deserto, um cenário desolado repleto de obstáculos inimagináveis. Unindo-se com lutadores da resistência, os Clareanos desafiam as forças superiores da C.R.U.E.L. e descobrem seus terríveis planos para todos eles.