Sua carreira está identificada ao São Paulo, pelo qual foi campeão brasileiro em 1986 e em 1991, bicampeão da Libertadores em 1992 e 1993 e da Copa Intercontinental também em 1992 e 1993. Marcou o gol do título contra o Milan, de costas, num lance histórico para a torcida são-paulina, no finalzinho do jogo, garantindo o bicampeonato. Ainda pelo São Paulo foi campeão paulista em 1985, 1987, 1991 e 1992 e da Supercopa da Libertadores de 1993.

Müller chegou ao São Paulo em 1984, mas foi em 1985, no time do técnico Cilinho, conhecido como os Menudos do Morumbi, que ele passou a ter destaque; no período em que vestiu a camisa 7 do São Paulo tornou-se o quinto maior artilheiro da história do clube, com 158 gols e ídolo dos são paulinos. Ostentou por algum tempo uma invencibilidade em finais de campeonato que só foi quebrada com a derrota na decisão da Libertadores de 1994. Foi destaque do São Paulo Futebol Clube em dois dos melhores times brasileiros de todos os tempos, São Paulo de Cilinho e São Paulo de Telê.[carece de fontes].

Teve uma passagem de algum destaque no futebol italiano, de 1988 a 1991 onde jogou pelo Torino sem conseguir, no entanto, evitar o rebaixamento de seu time; mesmo assim foi ídolo em Turim, tinha o quarto maior salário no futebol italiano no qual as grandes estrelas do futebol mundial desfilavam, foi pretendido pela Roma e Napoli, este último tinha o desejo de reunir o trio Careca, Maradona e Muller, mas nunca conseguiram tira-lo de Turim, teve uma passagem mais rápida e menos destacada pelo Perugia Calcio já em outro período. Também jogou rapidamente no futebol japonês, pelo Kashiwa Reysol.

Se destacou também em sua passagem pela Palmeiras, onde conquistou o Campeonato Paulista de 1996 e formou o badalado ataque dos 100 gols com Rivaldo, Djalminha e Luizão. Nessa última fase de sua carreira foi apelidado de "garçom", dada a frequência que deixava seus companheiros em condição de fazer gols. Voltou Para o Tricolor ainda em 1996 para a disputa do Campeonato Brasileiro, mas com pouco destaque, sendo negociado com o futebol italiano numa passagem relâmpago no Perugia e retornando ao Brasil para atuar pelo Santos em 1997, se destacando com ex-companheiros de São Paulo como Macedo, Zetti e Jamelli[carece de fontes].

Os últimos títulos antes de se aposentar foram com o Cruzeiro: a Copa do Brasil em 2000 e a Copa Sul-Minas de 2001.

Pela seleção brasileira, disputou três Copas do Mundo: México-86, Itália-90, quando foi titular no ataque ao lado de Careca, e EUA-1994, quando foi reserva na conquista do tetracampeonato mundial. Jogou 59 partidas (3 não-oficiais) com a camisa verde-amarela e marcou 12 gols (2 em Copas).

Em 06 de fevereiro de 2015 surpreende a todos quando assina com o Fernandópolis retornando ao futebol depois de 11 anos com 49 anos de idade.

Em 2009, o ex-atacante foi contratado como técnico daquela que já foi uma das equipes mais tradicionais do interior paranaense, o Grêmio Maringá. Tal contratação faz parte de um plano que almejava levar novamente o clube a elite do futebol paranaense. Não obteve sucesso e foi demitido em 8 de janeiro de 2010.

Passou ainda no Sinop , time que revelou seu colega de São Paulo Rogério Ceni em 1990.

No ano de 2011, assumiu o Imbituba, que disputa a Primeira Divisão do Campeonato Catarinense de Futebol.

Em 2014 retornou ao Grêmio Maringá e ocupa o cargo de diretor técnico do clube.

No dia 16 de maio de 2015 é anunciado como novo treinador do Blumenau Esporte Clube para a disputa da Série B de Santa Catarina.

Participou como comentarista no programa esportivo Apito Final, da TV Bandeirantes, ao lado de Luciano do Valle, durante a Copa do Mundo de 2006; exerceu a função também no canal de TV a cabo SporTV. Apresentou uma passagem sem grande destaque pelo Santo André, no cargo de diretor-executivo do clube, onde era responsável pelas categorias de base e do futebol profissional. Foi recontratado em 2011 pelo SporTV para as transmissões da Série B do brasileirão. Aos 45 anos, o ex-jogador recentemente veio a público admitir que atravessa dificuldades financeiras por ter perdido tudo que acumulara ao longo de duas décadas no futebol. Em dezembro de 2016, foi anunciado como Gerente de Futebol do Sete de Setembro. Em 27 de junho de 2017, é anunciado como novo comentarista da TV Gazeta.