"O Terceiro Sexo" conta a história de Klaus, de 17 anos, filho de Werner e Christa Teichmann. O garoto, estudante excepcional, começa a levar uma vida que preocupa cada vez mais os pais. Ele passa a maior parte do seu tempo livre com Manfred, um universitário desfavorecido criado por uma mãe solteira. Os dois garotos compartilham interesse em obras de arte e Manfred acaba de publicar um poema no jornal local. Klaus protege Manfred dos valentões da sala de aula, que o atacam por sua feminilidade. Os Teichmanns ficam ainda mais preocupados quando descobrem que Manfred apresentou Klaus para Boris Winkler, um homem que promove encontros exclusivamente masculinos na sua casa, com música eletrônica, vanguardista e luta livre entre jovens seminus. Os pais de Klaus visitam um psicólogo, que lhes adverte que seu filho corre perigo de se transformar em um homossexual. Dirigido por um nazista, o filme pode ser visto como uma propaganda contra os "males" da homossexualidade, mas também como um filme aberto à discussões sobre o assunto.