Em 1663, quando o padre é convocado a comparecer diante da terrível Inquisição portuguesa, ele precisa explicar as ideias que defende, ao questionar a escravidão, a situação dos índios e a relações império-colônia. Intrigas na corte e um pequeno mal-entendido enfraquecem o poder do jesuíta, que chegou a ser amigo íntimo do rei Dom João IV. Perante os juízes, padre Vieira passa a limpo seu passado: a juventude passada no Brasil e os anos de noviciado na Bahia, seu envolvimento na causa dos índios e o primeiro sucesso no púlpito. Proibido pela Inquisição de falar em público, ele se refugia em Roma, onde conquista enorme reputação e sucesso. A rainha Cristina da Suécia, que vivia em Roma desde sua abdicação, manteve Vieira na Corte e insistiu para que ele se tornasse seu confessor. Com saudades de Portugal, o padre retorna a seu país. Entretanto, a frieza com que é recebido pelo novo rei, Dom Pedro, força sua volta ao Brasil, onde passa os últimos anos de sua vida.