O filme começa quatro anos atrás, quando o Prof° Lund e sua equipe de pesquisas estão em uma região gélida pesquisando o comportamento dos Pokémons locais. Também no local da pesquisa estava Tory, o filho do Prof° Lund, que estava tendo seu primeiro contato direto com os Pokémon.

Tudo ia bem até que um meteoro cai na região e dele sai o Pokémon do espaço Deoxys. Percebendo que talvez Deoxys fosse uma ameaça à Terra, o Pokémon Guardião Rayquaza aparece trava uma dura batalha contra o invasor até que consegue o derrotar e retorna para os céus. Enquanto tudo isso ocorria, os Pokémon locais se assustaram muito e saíram correndo com tal desespero que quase atropelaram o pequeno Tory...

De volta ao presente, Ash, Pikachu, May, Max e Brock chegam à cidade Larrouse, famosa por ser totalmente tecnológica. Lá, Ash conhece Tory que, desde o incidente anos atrás, não consegue ter contato com Pokémon por ter medo e, devido a isso, seu único amigo é uma estranha e misteriosa luz com inteligência artifícial.

Ash e Tory também conhecem outros treinadores que competem na Battle Tower da cidade e aos poucos Tory vai perdendo seu medo, até que Deoxys surge na cidade e fez todos os seus moradores de refém, transformando tudo em um caos. Cabe então aos fugitivos Ash e cia., Tory e os treinadores locais salvarem a cidade dessa terrível ameaça. Será que eles conseguem?.