Em um futuro próximo, um estranho fenômeno separa uma área do Japão do restante da ilha principal e este lugar vem a ser conhecido como a "Terra Perdida".

Nos anos seguintes, alguns daqueles nascidos na Terra Perdida desenvolvem a habilidade de alterar a matéria.

Eles são denominados Alters e são caçados pela HOLY, uma nova organização do governo que é encaerregada de capturar usuários Alters nativos.

Entretanto, um usuário Alter chamado Kazuma opõe-se abertamente contra a HOLY.

Terá ele sucesso em sua briga contra eles?