João nasceu numa família tradicional – seu pai, Walter Moreira Salles, foi Ministro de Estado e embaixador e, como banqueiro, foi o maior acionista da União de Bancos Brasileiros (Unibanco), hoje incorporado ao Banco Itaú. Mas, a exemplo do irmão Walter Salles e incentivado por este, dedicou-se ao cinema. Seu primeiro trabalho, em 1985, foi o roteiro para a série "Japão, uma Viagem no Tempo", exibida na extinta TV Manchete.

Em 1987, os dois irmãos fundaram a produtora Videofilmes, com o propósito inicial de realizar documentários para a televisão, mas que acabou sendo a produtora de importantes filmes da chamada retomada do cinema brasileiro. Ainda em 1987, João dirigiu "China, o Império do Centro" e fez o roteiro do documentário "Krajcberg, o Poeta dos Vestígios", pelo qual recebeu prêmios na Itália, em Cuba e no Brasil. Também recebeu um prêmio em Paris por um especial co-produzido e veiculado pela rede Manchete, “Blues” (1990).

Entre 1991 e 1996, trabalhou em publicidade. Em 1998, lançou a série de programas "Futebol", co-dirigida por Arthur Fontes. No ano seguinte, com Kátia Lund, dirigiu "Notícias de uma Guerra Particular", um documentário sobre a população, a polícia e o tráfico de drogas no Rio de Janeiro.

Entre maio de 1999 e maio de 2000, João coordenou um grupo formado pelos jornalistas Dorrit Harazim, Flávio Pinheiro, Marcos Sá Corrêa e Zuenir Ventura e os documentaristas Arthur Fontes e Izabel Jaguaribe e trabalharam numa série de documentários mesclando a experimentação artística do cinema ao trabalho jornalístico de investigação. Com o propósito de exibir um ponto de vista que aparece pouco sobre o país, estreou em agosto de 2000, no canal de TV por assinatura GNT, da rede Globosat, a série de documentários intitulada “6 Histórias Brasileiras”. Dois episódios da série foram dirigidos por João.

Na Videofilmes produziu "Lavoura Arcaica", de Luiz Fernando Carvalho, "Madame Satã", de Karim Ainouz, "Babilônia" e "Edifício Máster", de Eduardo Coutinho, entre tantos outros filmes.

Em 2002, João lançou o documentário "Nelson Freire", sobre a carreira do pianista brasileiro. Durante a campanha presidencial, em 2002, João filmou os bastidores da campanha política do então candidato Luiz Inácio Lula da Silva, criando o documentário "Entreatos", lançado em 2004. Em 2007 lançou "Santiago", um documentário sobre um antigo mordomo de sua própria família.

Produzido por João, Eduardo Coutinho rodou no final de 2013 um novo documentário, "Palavra", sobre adolescentes de escolas públicas cariocas. Com a morte de Coutinho, João assume os trabalhos de pós-produção do filme.